Η Biblioteca Joanina είναι η πιο εντυπωσιακή βιβλιοθήκη της Πορτογαλίας και ένα από τα σπουδαιότερα μπαρόκ εσωτερικά της Ευρώπης. Ανατέθηκε από τον βασιλιά João V — το χρυσάφι της Βραζιλίας το χρηματοδότησε — και χτίστηκε μεταξύ 1717 και 1728 στην επάνω βεράντα του Πανεπιστημίου της Coimbra, το οποίο ανάγει τις ρίζες του στο 1290 και συγκαταλέγεται στα παλαιότερα πανεπιστήμια του κόσμου. Πίσω από τοίχους πάχους άνω των δύο μέτρων, τρεις πλούσια διακοσμημένες αίθουσες ανοίγονται η μία στην άλλη σαν τα κλίτη μιας βασιλικής, επενδεδυμένες με διώροφες επιχρυσωμένες βιβλιοθήκες από εξωτικό ξύλο jacaranda που έφτασε από τη Βραζιλία, κάτω από ζωγραφισμένες οροφές και ένα πορτρέτο του βασιλιά που την έχτισε. Τα ράφια φιλοξενούν περίπου 40.000 σπάνιους τόμους, τυπωμένους μεταξύ 16ου και 18ου αιώνα, με θέματα θεολογίας, νομικής, ιατρικής, φιλοσοφίας και επιστήμης.
Η Joanina έχει φύλακες που θα ζήλευαν οι περισσότερες βιβλιοθήκες: μια μικρή αποικία νυχτερίδων που ζει μέσα στο κτήριο και βγαίνει τη νύχτα για να τραφεί με τους σκώρους και τα άλλα έντομα που αλλιώς θα κατέτρωγαν το χαρτί και τις βιβλιοδεσίες. Κάθε βράδυ τα αναγνωστήρια καλύπτονται με δερμάτινα προστατευτικά φύλλα, και κάθε πρωί τα καλύμματα απομακρύνονται — μια διαδικασία συντήρησης 300 ετών που λειτουργεί ακόμη. Οι χοντροί τοίχοι και μια βαριά πόρτα από ξύλο τικ διατηρούν τη θερμοκρασία και την υγρασία εντυπωσιακά σταθερές, και γι’ αυτό τα βιβλία εδώ έχουν επιβιώσει από αιώνες που αλλού κατέστρεψαν ολόκληρες συλλογές.
Δεν υπάρχει εισιτήριο μόνο για τη βιβλιοθήκη: η Biblioteca Joanina επισκέπτεται ως μέρος του ενιαίου εισιτηρίου του Πανεπιστημίου της Coimbra, μαζί με το Βασιλικό Παλάτι (το Paço das Escolas), το επίχρυσο παρεκκλήσι του Αγίου Μιχαήλ και τα ιστορικά μουσεία του πανεπιστημίου. Η είσοδος στην ίδια τη βιβλιοθήκη γίνεται σε αυστηρά 20λεπτα χρονικά παράθυρα για μικρές ομάδες, οπότε η ώρα που αναγράφεται στο εισιτήριό σας είναι η ώρα εισόδου σας· τους υπόλοιπους χώρους μπορείτε να τους εξερευνήσετε πριν, μετά ή ακόμα και την επόμενη μέρα. Ολόκληρος ο λόφος του πανεπιστημίου — η Alta και η Rua da Sofia από κάτω — εντάχθηκε από την UNESCO στον Κατάλογο Παγκόσμιας Κληρονομιάς το 2013.